黄芩的穴种深度可以根据不同的情况进行调整，但合适的穴种深度为2-3厘米。在选择穴种深度时，需要考虑以下几个因素：

1. 土壤质地：如果土壤比较重、粘性或容易积水，可以选择较浅的穴种深度，以避免种子被过多的湿度和压实影响发芽。

2. 种子大小：黄芩种子较小，一般直径为2-3毫米。较小的种子通常需要较浅的穴种深度，以确保种子能够接触到足够的氧气和光线。

3. 气候条件：如果种植季节气温较高，如夏季，可以选择较浅的穴种深度，以防止种子受到高温的伤害。对于黄芩种子，一般建议将其穴种深度控制在2-3厘米左右。但具体的穴种深度还是要根据您所在的地理位置、土壤条件和当地的种植经验进行调整。