六月份种植的荷花种藕在适宜的条件下是可以发芽的。荷花（莲花）的生长需要充足的阳光、适宜的水温和良好的水质环境。如果您所处的地区六月份气候温暖，且能够为荷花提供这些条件，那么种藕是有很大可能性发芽并且生长的。
以下是种植荷花种藕的一些建议：
1. 选择合适的容器：可以使用池塘或者专用的莲花盆来种植。确保容器有足够的深度，通常建议水深在20-30厘米左右。
2. 准备泥土：荷花喜欢肥沃的泥土，可以使用富含有机物的淤泥或者园艺店购买的莲花专用土。
3. 种植方式：将种藕埋入泥土中，深度约为5-10厘米，保证上面覆盖有一定厚度的泥土。避免将种藕直接暴露在水面上。
4. 光照：荷花需要充足的阳光来进行光合作用，确保种植位置每天至少有四到六小时以上的直射日光。
5. 水温：适宜的水温对荷花发芽非常重要。水温最好维持在20°C至30°C之间。
6. 水质管理：保持水体清洁，防止藻类过度繁殖，适时更换部分水分，以维持水质。
7. 施肥：可使用缓释型肥料，如复合肥或腐熟的有机肥，注意不要过量。
在六月份种植，如果天气条件适宜，并妥善照顾，荷花种藕应该会在几周内开始发芽，随后长出新芽和叶片。整个生长季节中，荷花会陆续开放美丽的花朵。但第一年种植的荷花可能不会有很多的花朵，随着根系的成熟，次年开花的数量和质量通常会更好。