如果桉树种子在水中浸泡的时间过长，可能会导致种子腐烂或失去生长能力，从而影响发芽和幼苗的存活率。

桉树种子通常具有硬种皮，为了增加发芽率，可以对种子进行处理，一种方法是使用温水浸泡。浸泡时间应该控制在适当的范围内，通常在24小时左右。

如果将桉树种子过度浸泡，可能会导致以下问题：

1. 腐烂：过长时间的浸泡会使种子变软，增加其受到细菌和真菌感染的风险，进而导致腐烂。

2. 失去生长能力：过度浸泡可能会破坏种子的结构和胚芽，导致失去生长能力，从而无法正常发芽。

建议在温水中浸泡桉树种子时，控制浸泡时间在合适的范围内，不要超过24小时。注意保持水质清洁，以减少细菌和真菌的感染风险。如果种子已经过度浸泡，最好重新获取新鲜的种子，并采用适宜的浸泡时间进行处理。