金边麦冬除根主要采用物理方法和化学方法。
- 物理方法
- 手工拔除：这是最直接的方法，对于小面积种植或者少量的金边麦冬需要除根时较为适用。在土壤比较湿润的时候进行操作更容易将根系完整拔出，减少残留在土壤中的根段再次萌发的机会。但此法劳动强度大、效率低，并且难以彻底清除地下根茎。
- 深翻土壤：通过深翻土地，可以将金边麦冬的根系翻到地表之上，使其暴露在空气中而死亡。一般翻耕深度要达到30 - 40厘米左右，以确保大部分根系能够被翻出。不过，在翻土过程中可能会不小心将一些根茎切断，断掉的小部分又会在土壤中重新生长。
- 化学方法
- 使用除草剂：像草甘膦等非选择性内吸传导型除草剂可用于金边麦冬除根。草甘膦能被植物的绿色组织吸收并传导至整个植株，包括根部，从而破坏其生理功能，导致植株死亡。使用时要按照产品说明调配合适的浓度，通常在金边麦冬生长旺盛期喷施效果较好。但是要注意避免药剂飘移到周围的其他植物上，以免造成不必要的损害。而且长期大量使用除草剂可能会对土壤微生物环境产生影响，所以在使用化学药剂除根时应谨慎考虑，遵循当地农业部门的相关规定。
除了上述两种主要方法外，还可以结合改变土壤条件等方式来抑制金边麦冬根系的生长。例如，金边麦冬喜欢疏松、肥沃、排水良好的土壤，如果适当增加土壤紧实度，降低土壤肥力，也有助于控制它的生长和繁殖，但这并不是专门针对除根的有效手段，更多是作为一种辅助措施。
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