如果碗莲种子发芽后芽出水面但枯萎了，可能是由于以下几个因素导致的问题：

1. 水温过高或过低：碗莲适宜生长的水温一般在22°C至28°C之间。如果水温过高或过低，芽的发育可能受到影响，导致枯萎。确保提供适宜温度的水环境是种子发芽成功的关键。

2. 光照不足：碗莲喜欢充足的阳光，光照不足可能导致芽无法正常生长而枯萎。确保给予足够的光照，可以放置在室外阳光充足的地方或者使用人工光源补充。

3. 水质问题：水中的污染物、有害物质以及缺乏氧气会对芽的发育造成负面影响。确保提供清洁的水，并定期更换新鲜的水以提供足够的氧气。

4. 缺乏养分：合适的营养对于芽的健康生长非常重要。您可以尝试添加适量的水族箱肥料或液体肥料，确保芽得到必要的养分供应。

如果以上问题都得到了合理解决，而芽仍然枯萎，那可能是因为种子质量有问题或其他植物疾病等原因。您可以咨询当地的园艺专家或与种植碗莲有经验的人士一起探讨，并尝试其他种植方法来提高成功率。