碗莲种子在水中浮上来可能是因为种子本身具有浮性，这是一种自然的特征。您可以尝试以下方法帮助种子沉到水底：

1. 筛选种子：将种子放入筛网或过滤器中，轻轻摇动筛网使水流通过，这样可以排除较轻或空心的种子。

2. 沉底剂：向水中添加一些沉底剂，如细沙、砾石、岩石等，这会增加水的密度，使种子更容易下沉。

3. 软化种子表面：将种子放入温水中浸泡一段时间，这将有助于软化种子表面的薄层，促进种子的下沉。

4. 衰减水质：如果使用的是自来水或含有较高氯或其他化学物质的水，请考虑将水放置数天以让的化学物质挥发，或者使用经过过滤或去氯处理的水。

不同品种的碗莲种子可能具有不同的浮性和浸泡条件要求。最好参考特定品种的种植指南或与专业园艺师咨询以获取更准确的建议。