这主要是由于盆中的水苔长期过湿造成的。蝴蝶兰是肉质根系，耐一定的干旱，但不耐长期涝，盆内基质长期湿度高，根系易腐烂。解决办法是将蝴蝶兰从盆中取出，放置在阳光充足的地方2~3但中午温度过高时不要晒太阳，以免叶子灼伤。
晒干时，用报纸或叶子覆盖蝴蝶兰的叶子，只晒根和空盆，水蒸发至90%干燥时就可以收起来，也可以消毒杀菌。蝴蝶兰根腐烂，只要在更好的光线下晒几个小时，但晒太阳时一定要翻脸，不要只晒一面。浇水后要看干湿，不要总是让基质太湿。
腐烂的根也可以在盆中浇水，如甲基托布津、百菌清、代森锰锌等。800~1000倍液为宜。但在家庭中一般不使用，因为它会污染空气。
